１．鉄道建設業務
新線建設に必要な事業用地を取得する仕事です。
沿線住民に対して補償方法などの説明会を行い、取得が必要な土地を決定するための測量や建物調査を実施し、土地や建物の公平かつ公正な補償金額を算出します。
地権者との交渉は、幅広い知識と経験、そして何よりも誠実な対応が求められる仕事です。
地権者の愛着のある土地を譲っていただくため、時には粘り強い交渉を求められます。
また、決められた開業時期までに用地を完全に取得する必要のある責任の大きな仕事です。
新線建設のための工事や、工事に必要な設計・調査業務の発注、契約に関する事務手続をする仕事です。
公共性が高く、規模の大きいJRTTの工事には、公正さが強く求められます。
入札への参加募集を行うための書類作成、企業からの問い合わせへの対応、応募をしてきた企業の技術力の確認、入札後の契約書の作成など、工事を始めるための手続から、工事の変更契約への対応、工事終了時の検査書類の審査・確認など、工事が始まる前から終わるまで一貫して工事の進ちょくをサポートします。
２．船舶共有建造業務
国内の旅客船事業者及び貨物船事業者と、環境対策など政策目的に応じて船舶を共同で建造し、船舶使用料を収受して維持管理をします。
建造時には、建造申請した事業者と資金面、技術面の協議を行い審査します。
建造後の管理としては、海運事業者（共有事業者）に対して、竣工後の技術面のフォローアップや船舶使用料の収受と管理、さらに事業者からの運航等に関する相談など、総合的な支援業務を行います。
国内唯一の方式で、日本の内航海運を支えます。
３．管理業務
JRTTの組織を支える業務を担います。
公的機関として求められる内部統制の仕組みづくりや組織の運営を支える総務関係業務、働きやすい職場環境を整備する人事・労務関係業務、JRTTの事業を進める資金を調達・管理する資金関係業務、複雑なJRTTの勘定を1円違わず管理する予算・決算・財務関係業務など、それぞれの業務のエキスパートとして、組織運営を支えます。